हालांकि साइकिल चलाना एक अत्यंत प्रभावी और व्यवहार्य व्यायाम है, फिर भी यह कमियों के सेट के साथ आता है:

कूल्हों में दर्द और सुन्न होना
जबकि साइकिल चलाने के परिणामस्वरूप पैर में दर्द इस बात का संकेत है कि आपकी मांसपेशियाँ काम कर रही हैं, हालाकिं कूल्हों में दर्द और सुन्नता साइकिल चलाने का एक दुर्भाग्यपूर्ण दुष्प्रभाव हो सकता है। शुक्र है, इसे ठीक करने का एक तरीका है: कई लंबी दूरी के साइकिल चालक अतिरिक्त कुशनिंग के लिए गद्देदार सीट’ के साथ-साथ गद्देदार साइकिल शॉर्ट्स का उपयोग करते हैं।

दुर्घटनाएँ
भारत में सड़कें दुर्घटनाओं के लिए बदनाम हैं। भारत में दुनिया में सड़क यातायात दुर्घटनाओं की संख्या सबसे अधिक है, और उचित साइकिल लेन या बुनियादी ढांचे की कमी साइकिल चालक के लिए खतरनाक प्रस्ताव बनाती है। साइकिल से गिरने से लंबी अवधि के लिए, चोट लगने की भी संभावना हो सकती है।

पुरानी स्थितियां
ऑस्टियोपोरोसिस से पीड़ित लोगों के लिए साइकिल चलाने की सलाह नहीं दी जाती है, जो हड्डियों को कमजोर करने के लिए जाना जाता है। हृदय रोग से पीड़ित लोगों को भी साइकिल चलाने की सलाह नहीं दी जाती है।

प्रदूषण
भारत के कुछ शहर आज दुनिया के सबसे प्रदूषित शहर हैं, जिससे आउटडोर साइकिल चलाना एक कठिन एक्टिविटी है। जबकि व्यायाम जो आपको अधिक बाहरी प्रदूषण को झेलने का कारण बनते हैं – इसमें तेज चलना, दौड़ना और बाहर साइकिल चलाना शामिल है – किसी के लिए भी बुरा है, वे विशेष रूप से उन लोगों पर बहुत कठिन हैं जिन्हें अस्थमा या पुरानी प्रतिरोधी फेफड़े की बीमारी जैसी सांस की बीमारी है।

मौसम की स्थिति
खराब मौसम, अत्यधिक गर्मी या भारी बारिश साइकिल चालन को बहुत कठिन बना देती है, इसके अलावा बारिश के कारण फिसलन वाली सतहों के कारण इसे खतरनाक बना देती है।

यौन विकार
अध्ययनों से पता चला है कि एक साइकिल की सीट में लंबे समय तक बैठने से पेरिनेम – आपके गुदा और यौन अंगों के बीच के क्षेत्र पर बहुत दबाव डाला जा सकता है। यह, बदले में, आपकी योनि या लिंग को रक्त की आपूर्ति और तंत्रिका चालन को कम कर सकता है, जिससे सुन्नता हो सकती है। स्तंभन दोष  और / या  बांझपन का जोखिम  उन पुरुषों में भी कुछ हद तक अधिक है, जो रोजाना कई घंटों तक साइकिल चलाते हैं, लेकिन विशेषज्ञों का कहना है कि उचित सावधानी बरतकर इस जोखिम को कम किया जा सकता है।

इसके लिए एक स्पष्ट सुधार एक आरामदायक बाइक सीट चुनना है: इसका मतलब है कि अतिरिक्त कुशनिंग के साथ एक व्यापक सीट। अपनी सीट के कोण को समायोजित करना (ऊपर की ओर झुका हुआ नहीं) और हैंडलबार्स की ऊंचाई (उनकी ऊंचाई बढ़ाने से आपको अधिक सटीक बैठने में मदद मिलेगी) भी मदद कर सकती है।